Certos fatores ambientais como drogas, alguns tipos de medicamentos (como anticonvulsivantes e corticóides), tabagismo e uso de álcool pela mãe e deficiência de ácido fólico, podem aumentar o risco de ter a fissura. Em outros casos, alguns genes e mutações genéticas podem ser os responsáveis. Assim, deve-se evitar fazer radiografias durante o período gestacional, principalmente na região abdominal.
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